Les organismes qui attaquaient le décret étaient notamment la Confédération des chambres syndicales départementales des débitants de tabac de France et des associations de fumeurs de pipe (de Saint-Claude, du Périgord...).
Parmi les arguments soulevés, les opposants dénonçaient des "atteintes" à la liberté d'entreprendre (des débitants de tabac par exemple) et aux libertés individuelles ou encore des normes "impossibles à mettre en oeuvre" comme la création d'espaces fumeurs clos et ventilés dans les établissements publics de petite taille.
Dans sa décision, le Conseil d'Etat a fait valoir que la loi "n'a pas imposé que soit dans tous les cas laissée aux fumeurs la possibilité de disposer d'emplacements réservés, mais qu'elle a seulement permis, le cas échéant, la création de tels emplacements".
La décision du Conseil d'Etat est conforme aux conclusions du commissaire du gouvernement, magistrat chargé de dire le droit qui avait recommandé le rejet des requêtes, lors de l'audience du 5 mars.