Il est prévu que "dans un délai de cinq ans" toutes les universités accèdent à l'autonomie dans les domaines budgétaire et de gestion de leurs ressources humaines. Leur accession à la propriété, à leur demande, de leurs biens immobiliers est également prévue.
Le texte de loi modifie également la procédure de recrutement des personnels et enseignants-chercheurs. Il permet notamment au président d'engager des contractuels. Le président sera par ailleurs élu pour un mandat renouvelable de quatre ans par un conseil d'administration réduit comprenant entre 20 et 30 membres. Ce conseil d’administration devra comporter de "sept à huit personnalités extérieures" (à l'établissement).
La ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, Valérie Pécresse, avait qualifié ce texte de "crucial pour le pays car la réforme des universités a été sans cesse différée depuis 20 ans", ajoutant que "Aujourd'hui, la situation est celle d'une extrême urgence" car les universités sont "fragmentées, dans des situations très inégales, sous-financées et suradministrées", et que "le vrai constat, c'est une université à de multiples vitesses".
Au préalable, le gouvernement a accepté de retirer des dispositions contestées, comme le caractère optionnel du passage à l'autonomie ou l'introduction d'une sélection en première année de master (bac+4), retraits accueillis avec soulagement par les présidents d'universités et les représentants des étudiants.
Les syndicats d'enseignants et chercheurs voient dans la loi une porte ouverte au clientélisme et aux pressions économiques et politiques susceptible d'affaiblir leur liberté intellectuelle et professionnelle.
Le projet de loi sur l'autonomie des universités a été définitivement adopté le mercredi 1er août par le Parlement. Seule la majorité UMP et centriste a voté pour.