Décrétant la réforme de l'université « priorité absolue » de son gouvernement, il a formulé le souhait de conduire « 50% d'une génération à un diplôme de l'enseignement supérieur ».
Comme nombre de ses prédécesseurs, François Fillon a bâti son discours sur un constat d'échec. « Depuis
Décrétée « priorité absolue », la réforme de l'université, selon le premier ministre doit poursuivre un double objectif : conduire la moitié d'une classe d'âge à l'obtention d'un diplôme de l'enseignement supérieur et faire des universités françaises « des pôles d'excellence ».
François Fillon s'est félicité de l'orientation de l'avant-projet de loi censé accorder une « autonomie réelle » aux universités, bientôt discuté en conseil des ministres. Il a rappelé la tenue à la rentrée d'une concertation de fond sur les conditions de vie et de travail les étudiants. Il a également insisté sur la nécessité de « rénover les campus », qui seront équipés « de logements, de bibliothèques modernes, d'installations sportives ». Des promesses assorties d'un budget de 5 milliards d'euros d'ici 2012.
François Fillon s'est également engagé à développer l'effort de recherche en s'appuyant notammant sur les entreprises. Pour cela, il a préconisé la simplification des crédits impôt-recherche. Affirmant que l'investissement de la France en la matière allait « tendre vers les 3% du PIB ». Il a estimé que l'université devait s'appuyer sur l'école qui « n'a pas besoin d'une réforme supplémentaire », saluant sa propre réforme de 2005. Il a confirmé la généralisation du soutien scolaire individualisé. Précisant que les études dirigées de fin de journée pour tous les collégiens seraient instaurées dès la rentrée 2008.