Selon la Cour, le bilan de ces aides qui atteignent le montant considérable de 6 milliards d'euros, apparaît très décevant.
Au terme de nombreux contrôles sur des collectivités ou des établissements publics, les magistrats soulignent la grande confusion institutionnelle qui caractérise ces interventions: dans une région, ce sont en moyenne une centaine d'institutions ou organismes qui interviennent et il n'est pas toujours facile de savoir qui est compétent pour quoi.
Les Chambres régionales des comptes ont également relevé de nombreux manquements au respect des règles nationales et communautaires applicables en la matière.
En 1996, les juridictions financières interpellaient déjà les pouvoirs publics en recommandant une clarification du cadre juridique applicable et préconisaient un choix précis du niveau d'intervention entre la région, le département, le cadre intercommunal ou la commune.
Depuis 1996, de nombreuses réformes législatives sont intervenues.
«Plus de 10 ans plus tard, la situation ne s'est en rien améliorée et nous pouvons continuer à parler comme en 1996 d'une véritable confusion institutionnelle», ajoutait-il.
Ainsi, à l'exception des aides qui font l'objet d'un encadrement législatif ou réglementaire, les collectivités territoriales sont aujourd'hui habilitées à définir ou mettre en œuvre autant de régimes d'aides qu'elles le souhaitent, alors qu'avant
Par ailleurs, il considère que les régions disposent «rarement des moyens suffisants pour assurer le rôle de chef de file et de coordination dans ce domaine».
La Cour et les chambres régionales recommandent de «recentrer les collectivités sur ce qu'elles savent faire au lieu de rester dans un système où tout le monde est compétent pour tout, et où plus personne n'est en mesure de conduire des actions efficaces». Selon le rapport, il faut que «le système soit revu et réarticulé autour de trois axes d'intervention :
« - d'abord offrir aux entreprises un environnement physique favorable. Les communes ont en la matière un rôle déterminant à jouer (et elles savent le faire), pour offrir des infrastructures performantes, pour développer des zones d'activités, des technopoles… Elles doivent le faire avec l'appui des départements pour les routes et des régions pour le ferroviaire.
« - ensuite, il faut favoriser l'investissement dans la recherche et le développement et dans l'innovation. L'Etat et les régions, dans le cadre d'une approche contractuelle appropriée, doivent pouvoir répondre aux besoins des entreprises modernes, notamment des plus petites.
« - enfin, il faut offrir un environnement fiscal et social favorable à l'emploi. Cela, c'est du ressort de l'Etat.»
Conférence des finances publiques locales du 16 juillet 2013