Ainsi a-t-elle choisi, dès 2007, d'alimenter ses véhicules au gazole "vert" afin de réduire de 25% environ les émissions de dioxyde de carbone dans l'atmosphère. En 2010, ses deux-roues ont été équipés du dispositif "Stop and go", afin d'éviter de polluer lorsque ces véhicules sont à l'arrêt.
Aujourd'hui, la Société des Eaux de Marseille s'équipe de véhicules 100% électriques.
Les quatre véhicules dont trois fourgonnettes Kangoo Renault Z.E. et une ION Peugeot, peuvent atteindre une vitesse de 130 km/h et disposent d'une autonomie de 150 kilomètres.