Le FCE est doté, au niveau national, d'un fonds de subvention de 170 millions d'euros pour l'année 2006.
Sealacian est un programme qui concerne les laboratoires à la recherche de nouvelles molécules anti-infectieuses ou anticancéreuses. Les scientifiques travaillent notamment sur les défenses cellulaires des sélaciens, des petits requins qui ont traversé 400 millions d'années.
Le Pôle Mer a retenu également un projet de construction d'un drone sous-marin pour la détection d'épaves, de cargaisons coulées et de boîtes noires (Asemar), et un projet de mise au point d'un système de détection de poissons et de repérage des fonds pour aider les pêcheurs à mieux gérer la ressource (Optipêche).
Le pôle Mer Bretagne fait partie des 16 pôles de compétitivité mondiaux ou à vocation mondiale labellisés par l'Etat depuis juillet 2005. Il est associé au pôle Mer PACA.