Les communes, indique le rapport, se voient reconnaître la possibilité de subventionner sans plafonnement la construction de lieux de culte. Pour le juriste Jean-Pierre Machelon, président de la commission, professeur de droit public à l'université René Descartes-Paris V, et directeur d'études à l'Ecole pratique des hautes études, il s'agit de laisser les communes seules juges de l'intérêt des administrés. Il rappelle qu'au moment de la rédaction de la loi de 1905, la gestion des lieux de culte avait été mise sous la responsabilité des instances religieuses (sauf en Alsace et en Moselle). Il ajoute qu'à l'époque il n'y avait pas ou peu de musulmans en France, donc pas de mosquées.
"La France est un Etat laïque, ce qui implique la neutralité, la liberté religieuse et le respect de toutes les croyances, explique-t-il. Ce qui signifie que toutes les religions sont fondées à avoir droit de cité, pourvu qu'elles respectent les règles de la République".
Commentant le rapport dans La Croix, le ministre de l'Intérieur Nicolas Sarkozy a estimé qu'il était "juste" que chacun puisse pratiquer son culte. "Pour lutter contre l'intégrisme et le communautarisme, il faut que toutes celles et tous ceux qui ont la foi puissent la vivre et la pratiquer en toute égalité (...) à condition de respecter l'ordre public", a-t-il dit.
La question des cimetières a également préoccupé la commission : fallait-il autoriser ou interdire les "carrés" confessionnels ? Ni l'un ni l'autre, a-t-elle répondu. Elle propose de modifier le code des collectivités locales, ainsi le maire pourrait autoriser les familles à enterrer leurs morts avec les autres membres de la communauté religieuse mais il garde tout son pouvoir sur l'administration du cimetière. "La dimension religieuse cesse d'être ignorée mais le principe de la neutralité du cimetière reste intact", explique Jean-Pierre Machelon.
La commission Machelon a été créée en octobre 2005 et était composée d'une quinzaine de spécialistes du droit et des cultes. Elle a entendu plus de quarante personnes, "chacune pendant plus de 3/4 d'heure". Les mesures préconisées dans le rapport ont été adaptées "à l'unanimité ou à une large majorité", a précisé Jean-Pierre Machelon.