La réforme de VNF, fixée par la loi du 24 janvier 2012, est entrée en vigueur le 1er janvier 2013. Elle fait de VNF un établissement public administratif (EPA) qui regroupe l’ensemble des personnels de la voie d’eau : 4314 agents publics de l’Etat (qui rejoignent VNF en position normale d’activité) et 389 salariés de droit privé. L’établissement maîtrise ainsi l’ensemble des moyens, financiers et humains, pour conduire les missions confiées par l’Etat et les objectifs fixés dans le cadre du contrat d’objectifs et de performance 2010-2013.
Les missions de VNF sont également élargies dans le but de concourir au développement durable et à l'aménagement du territoire, à la gestion des ressources hydrauliques (et à titre accessoire, de l'exploitation de l'énergie hydraulique), à la préservation de la biodiversité et à la continuité écologique, à la conservation du patrimoine et à la valorisation du domaine qui lui est confié.
Le regroupement des personnels au sein de VNF s’accompagne d’une clarification de l’organisation territoriale, qui compte désormais sept directions territoriales : Nord-Pas-de Calais, Bassin de la Seine, Nord-Est, Strasbourg, Rhône Saône, Sud-Ouest et Centre-Bourgogne. Cette dernière a été créée consécutivement à la décision de la région Bourgogne et de l’État de ne pas poursuivre l'expérimentation de décentralisation des canaux.
Sur le réseau des voies navigables on enregistre pour 2011, une légère contraction des trafics avec -1,6% en tonnes-kilomètres (7, 738 milliards) et - 0,9 % en tonnes (58,11 millions). La diminution des trafics d’importation (-7,8% en t-km) et des trafics intérieurs (-2,9% en t-km) n’est pas totalement compensée par l’augmentation des exportations (+8.8% en t-km).