La plupart des ONG se sont félicitées de ce résultat. L'association belge Nature et Progrès a ironisé sur "l'absconse stratégie des Verts", qui se sont divisés sur le sujet. La Française Marie-Hélène Aubert, rapporteuse, demandait que le seuil de tolérance aux OGM soit de 0,1 % "à la fois" pour les aliments biologiques et conventionnels, "afin qu'il n'y ait pas de distorsion de concurrence". Une stratégie considérée comme vouée à l'échec, ni la Commission ni le Conseil n'étant disposés à revenir sur le seuil de 0,9 % qui s'applique à l'agriculture conventionnelle depuis 2004.
Le Parlement ayant seulement un rôle consultatif en matière d'agriculture, c'est au Conseil qu'il reviendra de trancher, en juin. L'Italie, l'Autriche, la Grèce et la Belgique essaient de rallier l'Espagne et la Pologne afin de constituer une minorité de blocage contre la proposition de 0,9 %.