Homme de parquet et de cabinets ministériels, M. Bot a exercé pratiquement toute sa carrière au ministère public de Dieppe, à Bastia puis au Mans avant de rejoindre en mai 1993 le cabinet de Pierre Méhaignerie, alors ministre de la Justice.
Nommé procureur de la République de Nanterre le 1er août 1995 par le garde des Sceaux de l'époque Jacques Toubon contre l'avis du CSM (Conseil supérieur de la magistrature), il avait été accusé à l'époque d'être un "sous-marin du RPR" dans une juridiction où les premières affaires impliquant le RPR et des proches de Jacques Chirac commençaient à faire parler d'elles.
Début novembre 2002, il avait finalement remplacé Jean-Pierre Dintilhac à la tête du premier parquet de France qui regroupe 110 magistrats. Puis en octobre 2004, il a été nommé procureur général près la cour d'appel de Paris, l'un des plus hauts postes de la magistrature française.